SJTU-通用人工智能研究所 涂仕奎 长聘副教授
报告生成时间：2026年8月25日
个人主页：计算机学院教师页（个人主页）
所属团队：上海交通大学通用人工智能研究所（主要研究平台为认知机器与计算健康研究中心 CMaCH）
一、学者基本信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 姓名 | 涂仕奎（Shikui Tu） |
| 职称 | 长聘副教授（2023 年起；2017—2023 为长聘教轨副教授）、博士生导师 |
| 人才称号 | 国家级青年人才（2018 年第十四批国家中组部"青年千人"/国家青年特聘专家） |
| 所属单位 | 上海交通大学计算机学院（网络空间安全学院、密码学院）计算机科学与工程系 |
| 所在研究所 | 通用人工智能研究所（教师名录标注）；主要研究平台为电院认知机器与计算健康研究中心（CMaCH），任中心主任助理 |
| 邮箱 | tushikui@sjtu.edu.cn |
| 办公地点 | 闵行校区电院 3 号楼 541 室 |
| 学科 | 计算机应用技术（081203） |
| 研究方向 | 机器学习理论与方法、AI for Science（生物、药物发现、医学）、大模型与智能体、具身智能、因果表示学习、计算金融 |
| 本科 | 北京大学数学科学学院（计算数学，2002—2006） |
| 博士 | 香港中文大学计算机科学与工程系（2006—2012），导师徐雷 |
| 授课 | 机器学习 CS3308、线性优化与凸优化 CS2601、基因组学之大数据学习 CS7315（另曾讲授类脑智能、从数据学习因果结构等） |
归属说明：涂仕奎在学院教师名录中挂靠通用人工智能研究所，并位列该所"AI 赋能生化医药前沿交叉研究"方向团队（与杨旸、苏锐丹并列，见研究所介绍）；但其个人主页与研究活动（实验室 GitHub 组织 CMACH508、招生信息）均依托 CMaCH（认知机器与计算健康研究中心），并任该中心主任助理，故其主要研究归属为 CMaCH，同时为 AGI 研究所交叉应用方向的成员，属双重挂靠。
二、教育背景与职业履历
涂仕奎 2006 年获北京大学数学科学学院学士学位（计算数学），2006—2012 年在香港中文大学计算机科学与工程系攻读博士，导师为徐雷（Lei Xu）教授（个人主页）——徐雷后出任上海交通大学致远讲席教授并创建 CMaCH，成为涂仕奎此后几乎所有论文的共同通讯与长期学术靠山。2012—2016/2017 年，他在美国麻省大学医学院（UMass Medical School，伍斯特校区）生物信息学与整合生物学项目从事博士后研究，合作导师为 Zhiping Weng（翁志平）教授与 2006 年诺贝尔生理学或医学奖得主 Craig Mello 教授，这段经历奠定了其"机器学习 × 基因组学/piRNA"的交叉研究底色。
2017 年加入上海交通大学计算机科学与工程系任长聘教轨副教授，2023 年起任长聘副教授至今。其学术产出包括 Science、Cell 正刊、Nature Communications、Nature Structural and Molecular Biology 等正刊论文及 NeurIPS、ICML、ICLR、AAAI、KDD 等 CCF-A 类会议论文，合计 100 余篇；代表成果包括以共同第一作者发表于 Science 的 piRNA 靶向规则研究（2018）、NeurIPS 2024 Oral 论文 SeeA*（接收率 0.39%）、AlphaZero 路径一致性学习（ICML 2022）、多肽/分子生成系列（KGDiff、PepBFN、PAFlow）等。主持国家自然科学基金青年/面上项目，参与科技部科技创新 2030"新一代人工智能"重大项目与上海市科委人工智能重大项目。
三、学生培养情况
据研究生院教师主页，涂仕奎已毕业研究生 18 人、在校 17 人。以下按公开论文署名与任职记录整理，除特别注明外为"以涂仕奎为通讯/主要指导教师"的推断，个别人员身份为论文合作者。
1. 赵登伟（Dengwei Zhao，博士/已毕业留组）
AlphaZero 效率化系列（ICML 2022 路径一致性、NeurIPS 2023 GW_PCZero、NeurIPS 2024 Oral SeeA、NeurIPS 2025 KeeA、Communications Chemistry 2024 逆合成规划）的第一作者，2026 年仍与涂仕奎、徐雷合著神经引导启发式树搜索综述（Artificial Intelligence Review），是 CMaCH"搜索与决策"主线的主力；其当前身份（博士生高年级或博士后）公开资料未明确披露。
2. 臧思聪（Sicong Zang，已毕业）
简笔画双向学习系列（Neural Networks 2021、CVIU 2024、计算机学报 2023 IA-pix2seq）第一作者，现为东华大学计算机科学与技术学院讲师，是涂仕奎—徐雷双向学习（Lmser）路线走出的青年学者。
3. 钱浩（Hao Qian，博士）
药物设计主线主力：KGDiff（BIB 2024）、AAAI 2026 全原子多肽设计 PepBFN、胶质母细胞瘤治疗肽 BIB 2026 等第一作者。
4. 周靖远（Jingyuan Zhou）
NeurIPS 2025 先验引导流匹配分子设计 PAFlow、TCBB 2025 多目标药物设计第一作者。
5. 李腾杰（Tengjie Li）
草图生成主线：NeurIPS 2025 M3S、TIP 2026、IJCAI 2024 SketchEdit、Machine Learning 2025 SketchMLP 等第一作者。
6. 杨宇培（Yupei Yang）
因果表示学习主线：ICLR 2025 CSR、IJCAI 2024 CausalExploration、ICML 2026 CausalRM（RLHF 奖励建模）第一作者，与加州大学圣地亚哥分校 Biwei Huang 合作密切。
7. 郭文奇（Wenqi Guo）、曾必洋（Biyang Zeng）、张琳（Lin Zhang）等在校生
郭文奇为 ICLR 2026 音频-文本检索 DART、KDD 2025 图对齐 S3GA 第一作者；曾必洋为药物协同预测 GraphFusion、PDTSyn（BIB）第一作者；张琳为 AAAI 2026 脑电解码 SEBSFormer、癫痫脑电大模型第一作者。
8. 其他已毕业成员
早期第一作者包括赵凯旋（Kaixuan Zhao，AAAI 2021 图匹配 IA-GM）、谢青松（Qingsong Xie，IJCAI 2020 心电房颤诊断）、王志诚（Zhicheng Wang，AAAI 2021 DeepTrader）、谢周汕（Zhousan Xie，AAAI 2024 药物靶点预测）、李沛颖（Peiying Li，颅内动脉瘤破裂风险 Patterns 2023）等；其毕业去向除臧思聪外公开资料未披露。
四、学术合作网络
4.1 研究所内部（CMaCH 为核心圈层）
涂仕奎的合作网络以 CMaCH 为轴心：徐雷既是其博士导师又是长期的共同通讯作者，几乎所有机器学习主线论文均以"涂仕奎 、徐雷 "双通讯模式发表，形成"导师—学生—同事"三位一体的稳定组合。CMaCH 内部合作者还包括连勇、王国兴（IJCAI 2020 心电诊断论文）、苏锐丹（文本对抗、人脸素描、金融组合等论文，见其报告）等。在通用人工智能研究所层面，他与杨旸、苏锐丹同列"AI 赋能生化医药"方向，其中与杨旸在药物分子/生物医学方向构成互补（涂偏方法与因果学习，杨偏分子设计与组学应用），两人公开的直接合著论文未见披露。
4.2 跨机构
校内及国内合作主要沿三条线展开：生物实验线——与 En-Zhi Shen、Chun-Qing Song、Zhenzhen Li 等生物学家合作 PIWI/piRNA 系列工作（Science 2018、Nature Structural and Molecular Biology 2024、Vita 2026），支撑其基因调控方向从计算走向实验验证；临床医学线——与瑞金医院神经外科团队合作颅内动脉瘤破裂风险预测（Patterns 2023、Interdisciplinary Sciences 2025，合作者含 Bing Zhao、Jieqing Wan、Yunjun Yang），以及脑卒中风险评估项目；材料/器件线——碳基亚 10 纳米超低功耗器件研究项目所涉产业界合作；金融算法线——与 Biwei Huang、Kun Zhang 等合作 DeepTrader 等计算金融工作（详见 4.3）。
4.3 国际合作
国际网络承袭其博士后血统：Zhiping Weng（UMass Chan Medical School）与 Craig Mello（诺奖得主）是其博士后合作导师，piRNA 系列 Science 论文即产自该时期网络。此后与 Biwei Huang（加州大学圣地亚哥分校，因果表示学习：ICLR 2025、ICML 2026、IJCAI 2024 等多篇）保持最活跃的持续性国际合作；Kun Zhang（CMU/MBZUAI，因果发现）曾合作 DeepTrader（AAAI 2021）。他还担任 IJCAI、AAAI、ICML、NeurIPS 等顶级会议程序委员会委员及 Frontiers in Genetics、Methods 期刊客座编委，维持国际学术服务层面的连接。
五、业界合作关系深度分析
涂仕奎的业界合作以横向项目与产学共建为主，未见创业或企业兼职记录：
- 中国工商银行：2023—2024 年主持"中国工商银行类脑人工智能研究报告"项目（研究生院主页），将其所在的 CMaCH 类脑/双向学习体系输出给大型国有银行的 AI 战略研究，是其最主要的金融业合作。
- 魁特迪（NRE）：2025—2026 年主持"魁特迪 NRE 合作协议——多肽药物生成模型"项目，与其学术主线（PepBFN、KGDiff 等多肽/分子生成）直接对应，属 AI 制药方向的产业委托研发。
- 碳基亚：2021—2026 年承担"碳基亚 10 纳米节点超低功耗器件研究"，面向碳基半导体器件方向，合作深度与具体角色公开资料未披露。
- 华为：2020 年获华为云与计算先锋教师奖，并参与教育部—华为产学合作协同育人"新工科"机器学习课程建设项目（结题优秀，排名第二），属教学产学合作而非联合研发。
- 金融科技转化：DeepTrader（深度强化学习组合管理）等计算金融成果具备量化资管转化潜力，但未见商业化落地披露。
- 开源生态：其实验室在 GitHub 组织 CMACH508 下开源了三十余个项目的代码（含 DrugGen 在线药物生成数据库），构成面向产业界与学术界的开放资产。
六、重要奖项与学术兼职（表格）
| 年份 | 奖项/兼职 | 说明 |
|---|---|---|
| 2025 | 上海市计算机学会科学技术奖科技进步奖一等奖 | 第 2 完成人 |
| 2024 | 吴文俊人工智能科学技术奖自然科学奖二等奖 | 第 3 完成人 |
| 2023 | 上海交通大学教书育人奖一等奖 | 计算机基础课程教学团队成员 |
| 2022 | 上海市教学成果奖一等奖 | 第 7 完成人 |
| 2021 | 上海市计算机学会教学成果奖一等奖 | 第 3 完成人 |
| 2021 | 上海交通大学教学成果奖特等奖 | 第 6 完成人 |
| 2020 | 华为云与计算先锋教师奖 | 教学类 |
| 2018 | 国家级青年人才计划（第十四批中组部"青年千人"） | 个人人才称号 |
| — | 中国计算机学会生物信息学专委会 | 委员 |
| — | Frontiers in Genetics、Methods | 客座编委 |
| — | IJCAI / AAAI / ICML / NeurIPS | 程序委员会委员 |
七、Connection圈层总结
涂仕奎是典型的"数学出身—机器学习方法—生物医学落地"复合型学者，其关系网络呈现清晰的同心圆结构：内圈是 CMaCH/徐雷学派——博士导师徐雷至今仍是其绝大多数论文的共同通讯，臧思聪、赵登伟、钱浩、杨宇培等学生梯队延续双向学习、因果学习与药物设计三条主线，苏锐丹、连勇等为同圈层同事；中圈是 AGI 研究所交叉应用团队——与杨旸、苏锐丹共同扛起"AI 赋能生化医药"方向，共享药物分子研发、材料设计等议题；外圈是国际学术血统——UMass 的 Weng/Mello 诺奖网络与 UCSD 的 Biwei Huang 因果学习合作构成其国际标签。业界侧，工商银行、魁特迪、碳基亚三个横向项目分别对应金融 AI、AI 制药与碳基器件三个差异化出口，加上华为教学合作与活跃的开源输出，使其成为通用人工智能研究所内产学研接口较为多元的一位教师。对交叉背景（数学/生信/化学 + ML）的学生而言，其团队是交大计算机学院内 AI4Science 方向的重要入口之一。